Innocenzo III affermò nella decretale Per Venerabilem (1202) che la Chiesa non doveva ingerire nella giurisdizione civile, neanche in settori che confinavano con la morale. Nella Novit ille (1204), destinata ad illustrare ai Vescovi la legittimità dei suoi interventi nei conflitti politici, pur riconoscendo che il dominio feudale apparteneva al Re, sostenne che l’intervento del Papa era possibile e necessario per ratione peccati. Così facendo si fornì una esegesi ecclesiologica agli interventi del Pontefice nella sfera temporale.
Nel 1303 Bonifacio VIII nella bolla Unam Sanctam portò all’apice la concezione teocratica. A capo dell’unum della Chiesa, santa, cattolica ed apostolica, vi è solo Cristo. Nella Chiesa i poteri spirituale e temporale vengono esercitati dal successore di Pietro.
L’autorità temporale deve essere sottomessa a quella spirituale. Il potere spirituale “istituisce” quello temporale e lo giudica se cade nell’errore. Il potere spirituale supremo (quello del Pontefice) può essere giudicato solo da Dio, non dall’uomo. Questo potere ha di umano solo la persona che lo detiene ma nella realtà è un potere divino dato da Dio a Pietro e, quindi, ai suoi successori. Chi volesse resistere a tale potere tenterebbe di resistere a Dio. “In ragione dell’ordine universale voluto da Dio” il Pontefice, ovvero il vicario di Cristo, interviene negli affari terreni. Quindi non lo fa solo per ratione peccati ma perché il Papa è l’homo spiritualis guidato dall’autorità assoluta dello spirito.
Sempre intorno alla metà del secolo XII la figura del Pontefice venne profondamente rielaborata al fine di assicurare la sua centralità e superiorità nella cristianità occidentale. Si dette vita ad istituzioni in grado di impedire ingerenze esterne. Nel 1059 Papa Nicolò II (980 ca.-1061, eletto al soglio pontificio nel 1059) decretò il diritto esclusivo dei Cardinali ad eleggere i Pontefici, dettandone le procedure. In circostanze eccezionali l’elezione sarebbe potuta avvenire anche fuori dell’Urbe.
A seguito di lotte intestine e di prolungati periodi di vacanza della sede apostolica, il secondo Concilio di Lione (1274) sancì una serie di procedure; la più significativa fu che i Cardinali dovevano rinchiudersi in un “conclave” (unum conclave) nel palazzo dove avveniva l’elezione; era consentita solo un’apertura per il passaggio di viveri e bevande. In caso di non elezione dopo tre giorni i Cardinali avevano diritto ad un solo pasto al giorno e dopo cinque solo pane ed acqua. Tale limitazione sulle cibarie trovò ampie resistenze e nel 1276 venne abolita. Ripristinata nel 1294, venne definitivamente cancellata nel 1304. Ripresero i lunghi tempi per l’elezione del Papa.
Sempre nel 1064 Pier Damiani affermò che i Cardinali erano i “Senatori della Chiesa universale”; doveva essere imitata la curia dei Romani (curiam Romanorum) sicché ben presto venne utilizzato il termine Senatus per indicare il collegio cardinalizio. Innocenzo III li definì “parte del corpo del Papa” (membra corporis nostri) e poi: “siamo tutti un solo corpo in Cristo”.
La metafora aveva due implicazioni: il diritto cardinalizio a prendere parte al potere giurisdizionale del capo della Chiesa e la loro subordinazione al potere supremo del Pontefice. La curia cardinalizia acquistò potere con il passaggio dei decenni allorquando, lentamente, i posti chiave amministrativi, giudiziari, fiscali della Chiesa di Roma vennero sottratti alla nobiltà romana ed affidati ad ecclesiastici.
Bernardo da Chiaravalle, dopo aver confermato la denominazione Vicarius Christi di Pier Damiani coniò la formula ”plenitudo potestatis” sviluppando approfondimenti giuridici e dottrinali di altri teologi; egli affermò: “l’autorità piena esiste quando contiene il precetto (preceptum), la validità generale e la necessità. Questi tre elementi si trovano nel Papa, mentre il Vescovo ne possiede solo il primo ed il terzo”.
Innocenzo III fu il primo Pontefice a servirsi della formula di Bernardo nelle sue lettere. I canonisti l’adottarono subito. La massima estensione si ebbe con Innocenzo IV (1195-1254, eletto al soglio pontificio nel 1243) ed i decretalisti del XIII secolo. Pretese, inoltre, che, in virtù della plenitudo potestatis, il Pontefice potesse esercitare il suo potere temporale non solo sui cristiani ma anche sugli infedeli.
Secondo l’influente decretalista Enrico da Susa (1200 ca.-1271), detto l’Ostiense in quanto venne nominato Cardinale e Vescovo di Ostia nel 1262, il potere del Pontefice era duplice: la plenitudo ordinaria od ordinata era esercita in virtù della plenitudo officii, sulla base delle norme esistenti.
La plenituto absoluta derivava dalla plenitudo potestatis. La plenitudo absoluta consentiva al Papa di superare le leggi esistenti. Nell’esercizio della plenitudo potestatis il Pontefice era affiancato dai Cardinali; insieme costituivano un collegio che esercitava l’autorità affidata da Dio alla Chiesa di Roma.