A Bologna la situazione di conflittualità era analoga ma su posizioni diverse. I docenti erano prevalentemente del luogo ed avevano minor necessità di organizzarsi in corporazione; gli studenti, in gran parte provenienti da fuori, avvertivano maggiormente l’incertezza dello status e la diffidenza dell’ambiente locale. Vi erano attriti tra discenti e cittadini; si inserivano, in tale contesto, le posizioni delle scuole giuridiche. Queste ultime, in un primo periodo, erano favorevoli all’Imperatore mentre i Comuni erano in sempre maggiore contrasto con il potere imperiale.
Il giovane comune felsineo cresceva con la sua Università e, dal 1180 circa, il Comune di Bologna iniziò ad esigere dai professori non indigeni un giuramento con il quale si impegnavano a tenere le lezioni solo in quella università. I docenti esterni non avevano alcuna possibilità di associarsi in quanto in netta minoranza rispetto a quelli del luogo.
Viceversa gli studenti si sentivano insicuri nei loro diritti nei nascenti conflitti con il Comune. Tra il 1190 ed il 1200 “gli studenti di diritto stranieri decisero di riunirsi in due grandi associazioni articolate secondo la nazionalità: quella degli ultramontani, gli studenti provenienti dal nord delle Alpi, e quella dei citramontani, gli studenti italiani, ciascuna con a capo un rettore eletto e tutte le caratteristiche consuete di una corporazione dell’epoca”. Queste due universitates concorsero a costituire l’università in senso formale.
L’Università di Bologna (Alma Mater Studiorum), la cui data di fondazione ufficiale è il 1088, e Parigi (Sorbona), la cui data ufficiale di fondazione è il 1170, gettarono le basi per i successivi sviluppi europei. Nella storiografia vengono considerate delle “universités spontanées” (università spontanee); seguirono Oxford (prima con il quadrivium e poi con lo sviluppo delle scienze naturali) e forse anche Montpellier (insegnamento centrale era la medicina). Salerno aveva una scuola medica più antica e celebre ma non si trasformò in università poiché non era dotata di uno statuto autonomo.
Sia a Bologna, sia a Parigi vi furono fermenti; prevalentemente degli studenti a Bologna e dei professori a Parigi. La loro arma era abbandonare la città e trasferirsi altrove a studiare od insegnare. In concreto a Bologna la “parte debole” erano i discenti, a Parigi il corpo docente.
Le università, per la prima volta, offrivano ed aprivano a tutti gli studenti, indipendentemente dalla loro provenienza, la possibilità di studiare ed ampliare la loro cultura. Per essere riconosciute come tali necessitavano di “un privilegio di fondazione da parte di uno dei due poteri universali”; gli unici poteri che potevano emanare documenti aventi valore universale nel mondo cristiano erano il Papa o l’Imperatore.
Intorno al 1230 si concluse la fase di trasformazione delle università (il processo spontaneo) ed ebbe inizio la nascita formale delle stesse. I modelli costitutivi erano disponibili.
A Napoli Federico II di Svevia (1194-1250), nel 1224, fondò l’omonima università imponendo ai sudditi che volessero accedere gli studi di farlo solo ed esclusivamente nella città partenopea.
A Tolosa, nel 1229, venne fondata l’omonima università dopo l’annientamento degli albigesi in Linguadoca; tra le condizioni di pace imposte al conte di Tolosa, Raimondo VII (1197-1249), detto il giovane, si impose di finanziare 14 cattedre universitarie.
Come filiazione di Bologna nacque l’università di Padova (1222), poi Vercelli (1228) che negoziò con una delegazione studentesca padovana.
Nel corso delle trattative, per certi aspetti più avanzate di oggi, venivano affrontati numerosi problemi tra i quali: lo status degli studenti, la problematica degli alloggi, il controllo del prezzo degli affitti (considerato uno dei diritti fondamentali dell’università ai suoi albori) da parte di una commissione mista, il rifornimento dei viveri sufficiente (mercato bisettimanale) e prestiti ad interesse favorevole. Per le città vi era, ovviamente, un ritorno economico per le spese che dovevano affrontare gli studenti ed i docenti.
Intorno al 1300 in Europa si contavano 15 università: 5 in Italia, 5 in Francia, 3 in Spagna e 2 in Inghilterra. Sino al 1378 si aggiunsero altre 20 fondazioni (nuove o vecchie che vennero riconosciute). Intorno al 1550 le università raggiunsero il numero di 65.
